Jepun ditingkatkan kedua di dunia di belakang China dari segi muatan tanan ikan ditangkap-11.9 juta tan pada 1989, menurun sedikit dari 11.1 juta tan metrik pada 1980[perlu rujukan]. Selepas krisis tenaga 1973, penangkapan laut dalam di Jepun merosot, dengan penangkapan tahunan pada 1980an memukul rata 2 juta tan. Perikanan luar pesisir bertanggung jawab dengan pukul rata 50% dari jumlah pemancingan ikan negara pada lewat 1980an walaupun mereka mengalami atas dan bawah berulangan sewaktu zaman itu. Perikanan tepi pantai mempunyai penangkapan lebih kecil daripada perikanan laut utara pada 1986 dan 1987. Sebagai keseluruhan, pemancingan ikan Jepun mendaftarkan pertumbuhan lebih perlahan-lahan pada lewat 1980an. Dengan kontras, impot Jepun pada produk berkenaan dengan laut bertambah secara hebat pada 1980an, dan hampir 2 juta tan pada 1989.

Industri pemancingan Jepun, dalam negeri dan luar negeri, telah lama dipusatkan di pasar ikan Tsukiji, di Tokyo, yang adalah salah satu pasar borongan terbesar untuk makanan laut segar, beku dan diproses.

Jepun juga telah memajukan secara besar teknik aquakultur atau pertanian laut. Dalam sistem ini, inseminasi tiruan dan teknik mengeramkan digunakan untuk membiak ikan dan kerang-kerangan, yang kemudian dibebaskan ke dalam sungai atau laut. Ikan dan kerang-kerangan ini ditangkap selepas mereka membesar. Ikan salmon dibesarkan dengan cara ini.

Jepun mempunyai lebih daripada 2,000 pelabuhan pemancingan, termasuk Nagasaki, di Kyūshū barat daya; Otaru, Kushiro, dan Abashiri pada Hokkaidō. Pelabuhan pemancingan utama di pantai Pasifik Honshū include, Hachinohe, Kesennuma, dan Ishinomaki di sepanjang pantai Sanriku, dan juga Choshi, Yaizu, Shimizu, dan Misaki di timur dan selatan Tokyo.

Jepun juga dalah salah satu dari negara sedikit pemburuan ikan paus. Sebagai ahli International Whaling Commission, kerajaan berikrar bahawa armadanya akan menghad pemancingan mereka pada kuota antarabangsa, tetapi ia menarik kecaman antarabangsa dengan kegagalannya untuk menanda tangani perjanjian meletakkan suatupenghentian sementara pada menangkap sperm whales. Kini Jepun melaksanakan "penyelidikan pemburuan ikan paus" untuk ikan paus minke di lautan mengelilingi Antarctica.-->